R. Soekotjo, merupakan Ketua Yayasan Universitas Surabaya (Ubaya) yang pertama. R. Soekotjo juga dikenal sebagai Walikota Surabaya periode 1965-1974. Beliau yang merubah nama perguruan tinggi sebelumya dari Universitas Trisakti Surabaya atau Usakti Surabaya (1966-1968) menjadi Universitas Surabaya (Ubaya) pada tahun 1968. Bersama Rektor Ubaya Prof. Mr. Boedisoesetya melanjutkan kembali pembangunan kampus Ubaya di Ngagel pada tahun 1968 dan diresmikan pada tahun 1973. Menjabat Ketua Yayasan periode 1968-1974 sebelum digantikan oleh H.R. Soeparno pada tahun 1976.
H.R. Soeparno (1978-1979)
H.R. Soeparno adalah Walikota Surabaya periode 1974-1979. Beliau ditetapkan sebagai Ketua Yayasan Universitas Surabaya (Ubaya) menggantikan R. Soekotjo pada tahun 1978 untuk periode 1978-1979. Pada masa H.R. Soeparno, Kampus Ubaya Ngagel dikembangkan dengan membangun Gedung A yang kemudian diresmikan penggunaannya oleh Gubernur Jawa Timur Soenandar Prijosoedarmo pada tahun 1978.
Drs. Moehadji Widjaja (1979-1984)
Drs. Moehadji Widjaja merupakan Walikota Surabaya (1979-1984). Beliau ditetapkan Menjadi Ketua Umum Yayasan Universitas Surabaya Periode 1979-1984 menggantikan H.R. Soeparno yang telah menjabat Ketua Umum Yayasan UBAYA periode 1976-1979. Sumbangsih beliau adalah menginisiasi pendirian Fakultas Psikologi Ubaya pada tahun 1982 dan pembangunan Gedung D Kampus Ubaya Ngagel yang diresmikan pada tahun 1983.
dr. Poernomo Kasidi (1984-1994)
dr. Poernomo Kasidi ditetapkan sebagai Ketua Umum Yayasan Universitas Surabaya periode 1984-1989 melalui rapat pengurus Yayasan Universitas Surabaya pada tanggal 29 Oktoner 1984 untuk menggantikan Ketua Umum sebelumnya Drs. Moehadji Widjaja yang telah menjabat sejak 1979. dr. Poernomo Kasidi sendiri merupakan Walikota Surabaya (1984-1994). Beliau merintis pembangunan kampus Ubaya Tenggilis pada tahun 1985, pendirian Fakultas Teknik pada tahun 1986, pendidikan apoteker 1989 dan program Pascasarjana 1992. Kemudian pada tahun 1989 ditetapkan kembali menjadi Ketua Umum Yayasan Universitas Surabaya Periode 1989-1994 sebelum akhirnya digantikan oleh Stany Soebakir.
Stany Soebakir (1994-2007)
Berakhirnya kepemimpinan dr. Poernomo Kasidi sebagai Ketua Umum Yayasan Universitas Surabaya periode kedua 1989-1994 maka melalui rapat pengurus Yayasan Universitas Surabaya pada tanggal 9 September 1994 menetapkan Stany Soebakir sebagai Ketua Umum Yayasan Universitas Surabaya yang baru. Stany Soebakir melakukan pengembangan Ubaya dengan mendirikan Dana Pensiun Ubaya (1996) serta kampus ketiga Ubaya di Trawas, Mojokerto sejak tahun 1994 dan diresmikan menjadi Integrated Outdoor Campus (IOC) pada tahun 2008. Beliau digantikan oleh Anton Prijatno, S.H. tahun 2007.
Anton Prijatno, S.H. (2007-sekarang)
Anton Prijatno, S.H. menggantikan Stany Soebakir pada tahun 2007. Banyak yang dilakukan beliau sebagai Ketua Yayasan Universitas Surabaya (Ubaya) diantaranya mendirikan Fakultas Industri Kreatif (FIK), Fakultas Kedokteran, Rumah Sakit Ubaya, pengembangan UTC, UGH dan merintis Ubaya West Campus bersama Rektor Ubaya Dr. Ir. Benny Lianto, MMBAT.